1．采集标本浅部 真菌的标本有毛发、皮屑、甲屑、痂等，标本在分离前常先用75％乙醇处理。深部真菌的标本可根据隋况取痰、尿液、粪便、脓液、口腔或阴道分泌物、血液、脑脊液、各种穿刺液和活检组织，采集标本时应注意无菌操作。
2．检查方法真菌检查的方法主要有：
(1)直接涂片：为最简单而重要的诊断方法。取标本置玻片上，加一滴10％KOH溶液，盖上盖玻片，在酒精灯火焰上稍加热，待标本溶解，轻轻加压盖玻片使标本透明即可镜检。可用于检查有无菌丝或孢子，但不能确定菌种。
(2)墨汁涂片：用于检查隐球菌及其他有荚膜的孢子。方法是取一小滴墨汁与标本(如脑脊液)混合，盖上盖玻片后直接镜检。
(3)涂片或组织切片染色：涂片染色可更好地显示真菌形态和结构。革兰染色适用于白念珠菌、孢子丝菌等；瑞氏染色适用于组织胞浆菌；组织切片通常用PAS染色，多数真菌可被染成红色。
(4)培养检查：可提高真菌检出率，并能确定菌种。标本接种于葡萄糖蛋白胨琼脂培养基(Sabouraud agar)上，置室温或37℃培养1～3周，必要时可行玻片小培养协助鉴定。菌种鉴定常根据菌落的形态(图Er3)及显微镜下形态判断，对某些真菌，有时尚需配合其他鉴别培养基、生化反应、分子生物学方法确定。
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