尖锐湿疣的病原体是人类乳头瘤病毒(HPV)。属DNA病毒。病毒颗粒直径为50～55nm，这是非常小的，一般光学显微镜是不能看到的，只有借助电子显微镜才能看到。
近年来分子生物学技术研究发展迅速，证实人类乳头瘤病毒有40种以上的抗原型，即这一家族里有40多个相似而又不同的病毒。尖锐湿疣与寻常疣、扁平疣、丝状疣、掌跖疣等，同为感染人类乳头瘤病毒(HPV)引起。但不同类型的HPV能引起不同的疣。如Ⅰ型主要引起掌跖疣，Ⅱ型主要引起寻常疣，Ⅲ型主要引起扁平疣，而尖锐湿疣主要是由Ⅵ型、Ⅺ型病毒所引起。HPV在温暖潮湿的环境中特别易生存增殖，故男女两性的外生殖器是最易感染的部位。
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